工程結(jié)算的程序應注意以下幾個方面：

1.工程結(jié)算的前提是工程竣工驗收合格。每項合同所對應的工程施工完成后，包括總包.所有分包.材料設備等，都要進行四方驗收。

2.四方驗收時除簽發(fā)合格證書外，還應制作表格對應合同進行驗收，明確乙方完成的工程量增減情況，并經(jīng)乙方.監(jiān)理.甲方工程人員.預算人員簽認。

3.每項工程驗收合格后，按合同約定及時進行工程結(jié)算，乙方匯總整理所有結(jié)算資料，上報監(jiān)理及甲方。

4.監(jiān)理負責審核結(jié)算資料的完整性，資料必須完整齊備符合竣工資料的驗收要求，審核結(jié)果反饋給甲方乙方。

5.甲方的預算，原則上應該自己審核，如果招標時的工程量清單由咨詢公司編制，則可以由該公司負責審核，甲方的預算及工程人員配合完成結(jié)算工作。

6.甲方初步審核后，與乙方進行核對談判，重大分歧匯總上報各方主管領導解決。

7.雙方核對達成一致后，甲方寫出書面材料匯報結(jié)算情況及最終結(jié)果，經(jīng)同意后在結(jié)算書上簽發(fā)書面意見。

8.結(jié)算完成后，由乙方提出結(jié)算付款申請，甲方預算審核后，由甲方主管領導簽發(fā)后交財務付款。

法律依據(jù)：《建設工程價款結(jié)算暫行辦法》 第十三條工程進度款結(jié)算與支付應當符合下列規(guī)定：(一)工程進度款結(jié)算方式

1.按月結(jié)算與支付。即實行按月支付進度款，竣工后清算的辦法。合同工期在兩個年度以上的工程，在年終進行工程盤點，辦理年度結(jié)算。

2.分段結(jié)算與支付。即當年開工.當年不能竣工的工程按照工程形象進度，劃分不同階段支付工程進度款。具體劃分在合同中明確。